可简单的归纳为“三喜三怕”，即：喜洁怕脏，喜阳怕风，喜静怕惊。在自然环境中，甲鱼喜欢栖息于水质清洁的江河、湖泊、水库、池塘等水域，风平浪静的白天常趴在向阳的岸边晒太阳（俗称晒背），利用阳光中的紫外线杀死体表的致病菌，促进受伤体表的愈合，并通过晒背提高体温，促进食物消化。
生长期间主要以肺呼吸，当水温低于15℃时，甲鱼就潜入池底淤泥开始冬眠，靠喉咙部的鳃状组织等辅助呼吸器官进行呼吸。杭嘉湖地区每年11月中旬到次年的4月中旬前后是甲鱼的冬眠期。
在自然温度条件下，鳖生长4～5龄时才可达到性成熟；水温达到20℃以上时，开始发情交配。一次交配，多次产卵。北方一年产卵2～3次，南方4～5次。5～8月为产卵期，6～7月为产卵高峰期。