在大多数的情况下，文丘里施肥器安装在旁通管上（并联安装），这样只需部分流量经过射流段。这种旁通运行可以使用较小的文丘里施肥器，而且便于移动。当不加肥时，系统也正常工作；当施肥面积很小且不考虑压力损耗时也可以用串联安装。
在旁通管上安装的文丘里施肥器，常采用旁通调压阀产生压差。调压阀的水头损失足以分配压力。如果肥液在主管过滤器之后流入主管，抽吸的肥水要单独过滤。常在吸肥口包一块100-120目的尼龙网或不锈钢网，或在肥液输送管的末端安装一个过滤器，筛网规格为120目。
有的厂家产品出厂时已经在管末端连接好不锈钢网。输送管末端结构应便于检查，必要时可进行清洗。肥料罐应低于射流管，以防止肥液在不需要的情况下自压流入系统。并联安装方法可以保持出口端的恒压，适合于水流稳定的情况。当进口处压力较高时，在旁通管入口端可以安装一个小的调压阀，这样在两端都有安全措施。
因为文丘里施肥器对运行时的压力波动很敏感，应安装压力表进行监控。一般在首都系统都会安装多个压力表。截止阀两端的压力表可以测定截止阀两端的压力差。一些更的施肥器本身即配有压力表供监测运行压力。